Công ty cổ phần Phần mềm FPT thường được gọi với cái tên FPT Software hay tên ngắn gọn là FSOFT, hiện nay đây là công ty được coi là một trong các Công ty dẫn đầu Việt nam về xuất khẩu phần mềm. FSOFT là một trong các công ty thành viên của tập đoàn FPT, được thành lập năm 1988 với quy mô ban đầu chỉ là bộ phận tin học mang tên ISC (Informatic Service Center). Cuối năm 1998 đầu 1999, sau khi chiến lược xuất khẩu phần mềm được định hình, một nhóm chuyên gia được tách ra từ FSS để thành lập FSU1 (FPT Strategic Unit #1) như bộ phận chịu trách nhiệm mũi nhọn trong sứ mệnh Toàn Cầu Hoá. FSU1 chính là tiền thân của FSOFT ngày nay. Trong năm 1999, FSOFT đã thực hiện thành công dự án đầu tiên với khách hàng Winsoft, Canada, bước đầu xác định cơ cấu tổ chức, lên các chương trình chuẩn bị nhân lực cho xuất khẩu và năm 1999 được coi như năm thành lập của FSOFT. Trải qua quá trình hình thành và phát triển , tới năm 2004 Công ty cổ phần phần mềm FPT chính thức ra đời. Một số mốc có thể điểm qua liên quan tới tình hình hợp tác của FSOFT và các đối tác Nhật Bản.

Năm 2001 được đánh dấu bằng các hợp đồng OSDC với NTT-IT – khách hàng Nhật bản đầu tiên của FSOFT. Năm 2003 đem về cho FSOFT nhiều khách hàng mới, đặc biệt là các khách hàng lớn của Nhật như Hitachi, Sanyo, Nissen, IBM Japan. FSOFT thành lập Văn phòng tại thành phố Hồ Chí Minh. Ngay trong năm 2004, khi vừa mới chính thức thành lập FSOFT thì FSOFT đã mở văn phòng đại diện tại Tokyo để phục vụ tốt hơn các khách hàng Nhật. Tháng 11/2005 thành lập Công ty FPT Software Japan tại Tokyo, 13/9/2008 và đổi tên từ FPT Software Japan (FSJ) thành FPT Japan (FJP) và 13/11/2008 FJP đã kỷ niệm 3 năm thành lập. Tính tới thời điểm năm 2008 FSOFT có 15 đơn vị sản xuất thì 10 trong số đó là phục vụ thị trường Nhật Bản. Trong lĩnh vực phần mềm nơi FSOFT đang tham gia thì Nhật Bản có vị trí chiến lược đối thể hiện ở những khía cạnh: là thị trường xuất khẩu chính, đối tác chuyển giao công nghệ và giúp nâng cao năng lực của các doanh nghiệp phần mềm nội địa, đồng thời là khách hàng lâu dài của ngành này. Doanh nghiệp Nhật Bản là các đối tác đầu tiên và từ đó đến nay vẫn luôn là đối tác lớn nhất chiếm 61% doanh số gia công xuất khẩu của FSOFT. Với những yêu cầu của các doanh nghiệp Nhật Bản về các đối tác thì FSOFT đã ứng dụng một cách sáng tạo VHDN Nhật Bản vào công việc kinh doanh của mình, vừa là tạo sự tin cậy cho đối tác, vừa là phát triển VHDN của chính Công ty.