Hiện nay, nhà nước đầu tư nhiều nguồn lực xây dựng hệ thống đại học Quốc gia ở cả miền Bắc và miền Nam. Về cơ bản, đây là phương hướng đúng đắn vì trên thế giới, quôc gia nào cũng có hệ thống đại học quốc gia gồm nhiều chuyên ngành đào tạo trong các lĩnh vực tự nhiên, xã hội có uy tín. Hệ thống đại học quốc gia của Việt Nam có đặc thù là đi sau và gần như chuyên ngành đào tạo nào cũng đã tồn tại từ trước đó những trường đào tạo chuyên sâu và có uy tín.

Ví dụ đại học Luật trực thuộc đại học Quốc gia HN quy mô đào tạo thấp kém hơn nhiều so với cả một trường đại học Luật HN. Đại học Kinh tế trực thuộc đại học quốc gia vừa tách ra từ Khoa Kinh tế đã “đụng sân” Đại học kinh tế quốc dân là trường đại học hàng đầu đào tạo về kinh tế. Chưa kể đến khoa Sư phạm thuộc đại học Quốc gia, Đại học Công nghệ thuộc đại học quốc gia HN đều chịu phận đi sau những trường tầm cỡ lâu năm và chuyên sâu về đào tạo. Việc hình thành và phát triển thương hiệu cho đại học Quốc gia là việc làm cần thiết nhưng xét trên thực tế vừa nêu, sẽ khó để hệ thống trường Đại học Quốc gia vượt qua được những cái bóng khổng lồ đã tồn tại để tự khẳng định thương hiệu cho riêng mình trong bối cảnh ngành học non trẻ, cơ sở vật chất thiếu thốn. Đầu tư cho những ngành học non trẻ, quy mô đào tạo dàn trải như thực tế phát triển hệ thống đại học quốc gia hiện nay dẫn đến hai hệ quả cơ bản: Thương hiệu đại học quốc gia sẽ không bao giờ xây dựng được, và dù được đầu tư cỡ nào, chất lượng đầu vào cũng như đầu ra chỉ ở mức trung bình, không thể đạt “đỉnh” như lẽ ra phải có. Mặt khác, các trường đại học trọng điểm nhỏ lẻ về từng ngành học nhất định, do quy mô hoạt động độc lập, thiếu sự liên kết và đầu tư cũng khó tự mình tạo dựng hình ảnh thương hiệu riêng. Nói cách khác, thương hiệu chỉ hình thành khi chuyên môn hóa giáo dục theo chiều sâu.